妖怪在宝树空间中繁衍生息，人类则在现实世界生活。随着世间推移，妖族意识到他们早晚会被发现，所以开始设立妖怪学院，教导新转化的小妖，让他们可以参与保护空间。许多年后，身体能长出妖果的人族少女百草误入宝树空间，被好心的学院院长收留。黑恶势力为了得到百草的能力，而将百草掠到现实世界。而主角团虎蛟、朱龙、梅黛披荆斩棘、穿越空间，救百草脱离魔爪。