《忍者龟》新系列的故事发生在纽约曼哈顿，在热闹的市区的地下水道里，生活着主人公：四只少年忍者龟和一只六英尺高的老鼠——他们的老师斯普林特。

某一天，作为人类的斯普林特不幸遭受了一种神奇绿色物质的辐射，变异成了一只老鼠，而他随身携带的四只宠物龟也开始发生了变化......